盡管利用聚英云農的菌菇養殖智能監控系統，可以實現對菌菇房的智能自控，對溫度、濕度、光照都進行智能控制，但對于常見木耳病害，同樣需要進行防治。
癥狀：菌袋、菌種瓶、段木接種孔周圍及子實體受綠霉菌感染后，初期在培養料段木或子實體上長白色纖細的菌絲，幾天之后，便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落變為綠色，粉狀。
防治：
①保持耳場、耳房及其周圍環境的清潔衛生。
②耳房、耳場必須通風良好，排水便利。
③出耳后每天噴1次1%石灰水，有良好的防霉作用。
④若綠霉菌發生在培養料的表面，尚未滲入料內時，用PH10的石灰水擦洗患處，可控制綠霉菌的生長。
癥狀：耳片成熟后，耳片變軟，耳片甚至耳根自溶腐爛。
防治：
①針對爛耳的原因加強栽培管理，注意通風換氣，光照等。
②及時采收，耳片接近成熟或已經成熟立即采收。
③可用25mg/kg的金霉素或土霉素溶液噴霧，防止流耳。
產生原因：有機木耳菌塊霉菌污染是導致有機木耳菌塊減產，影響產品質量的一個重要原因，青霉、木霉是木耳菌塊上最常見的雜菌。
防霉措施：
①選用抗霉能力較強的菌株。
②選用新鮮原材料越夏。
③在培養料中增添抗霉劑，目前認為比較有效的方法是用有機肥。壓塊用具和薄膜都要用0.1高錳酸鉀溶液消毒。壓塊后1周時間內，菌絲尚未完全恢復，若有霉菌出現，可用飽和石灰水清液涂抹患處。
④保護環境清潔出木耳期間，在采收第1批木耳后，每3―5天在地面噴1次1%石灰水，或1%―2%煤酚皂溶液，或0.1%多菌靈，可交叉使用，以控制雜菌生長。
⑤室內發菌，室外出耳，被認為是木耳菌塊栽培的一項有效防霉措施。
⑥加強水分管理，要根據菌塊水分散失情況和空氣流量。
癥狀：有機木耳從幼蟲開始危害有機木耳，侵入耳片后吮吸汁液，使耳片萎縮，嚴重時造成流耳。
防治：用500―1000倍40%樂果乳劑、1000―1500倍50%可濕性的敵百蟲藥液、1500倍馬拉硫磷噴殺。
癥狀：成蟲嚙食耳片外層，幼蟲危害耳片耳根，或鉆入接種穴內至食耳芽，被害的耳根不再結耳。入庫的干耳回潮后，仍可受到危害。
防治：清除栽培場所的枯枝落葉，施用有機肥。
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